吳敦義是在從香港回到台灣後才確定出任行政院長一職。

台灣新任“行政院長”吳敦義首次到立法會備詢，遭到了在野的民進黨強烈抗議抵制，其原因是吳敦義上台前訪問香港引發的爭議風波。

吳敦義接任此一重要職務前到訪香港之所以引起爭議，主要是因為民進黨立委質疑，其是否奉馬英九之命會見了代表北京方面人士，形同台灣指派行政院長先向北京要求核可。

周五是台灣立法院本會期開議日，按慣例行政院長需到立法院備詢，但在民進黨的杯葛下，吳敦義上午一度無法上台報告其未來施政方針。

吳敦義近中午時雖然得以在人數佔壓倒性優勢的國民黨立委護衛下上台報告備詢，但持續與民進黨立委對其香港行言詞交鋒。

訪港爭議

民進黨立委葉宜津質疑其是否奉馬英九之命前往香港時，吳敦義答稱他在九月四日受到馬英九詢問是否有意出任行政院長，但他當時稱尚未能決定。

他說在從香港回到台灣後再度與馬英九會面，才確定出任行政院長一職。

在葉宜津不斷追問下，吳敦義說他曾向馬英九報告要到香港會見梁振英，並得到馬英九的同意。

原任國民黨秘書長的吳敦義對于九月五日訪問香港一事，原表示是與被認為是下屆香港特首熱門人選梁振英會面，考察香港對泥石流的防範。

晤大陸官員

但其後有媒體將其與中國全國政協委員郭炎見面的照片曝光，吳敦義也承認見了郭炎，並稱不知郭炎具有政協委員身份，也說他到香港陪兒子找一位陳先生算命。

吳敦義說他到訪香港完全是私人行程，並稱他在九月五日到訪時尚未確定出任行政院長，確定的日期的九月六日。

由于吳敦義未在第一時間對外說明其香港全部行程，而是漸漸在更多質疑出現後才逐漸說明，這被在野黨質疑是有意隱瞞。

綠營抨擊

民進黨主席蔡英文稱，若吳敦義沒有作不可告人之事，應坦蕩說清楚講明白，因為身為指標性政治人物，在政治敏感時刻去了政治敏感地方，社會有權提出質疑，吳敦義也有義務對社會清楚說明。

有國民黨立委指出，吳敦義香港行曝光是因為陸委會有官員向外泄密，但陸委會對此予以否認。

陸委會稱，吳敦義在訪問香港時並非政府官員，且事先未要求陸委會協助，該會在香港官員對此一行程完全不知情。