香港文汇网报道，从批判亲绿媒体，杠上扁朝、公布绿营执政有三万多「消失的公文」，马政府动作频频；从绿营批判「政治清算」，朝野逐渐正面交锋，提前点燃2012战火。

　　据联合报报道，陈水扁八年执政，犹如民进党沉重包袱，即使陈水扁入狱，仍是绿营不可承受之重。三万多件公文不知去向，犹如马政府一记霰弹，不仅陈水扁本人，还牵扯出苏贞昌、林佳龙、陈其迈等台面上绿营要角。

　　「总统府」在大选前夕的任何大动作，难免遭质疑有选举考量，但相较于特侦组投入大量人力，至今仍尚未厘清扁案机密公文，府方只靠三位小秘书、花两年公余时间比对，就完成近四万份公文清查，形成强烈对比。

　　政党轮替至今，马政府处理扁案始终陷入两难局面，稍有动作就被质疑是政治清算，但若迟无进展，也会遭深蓝族群批判。扁案虽是民进党包袱，国民党靠打扁也非全然加分，可预见的是，2012大选不再靠陈水扁议题定输赢。

　　回到问题核心，「总统府」从外收发室与档案室资料比对，发现扁朝公文不知去向达数万件，从档案法、公务人员交代条例，都是明显疏失，遑论官员私下呈送公文未建档，实际流佚公文更多，当时的「总统府」已成为法外特区。

　　数万文件，其中不乏机密档案，或许仍有更多早已被销毁，蓝绿应跳脱「政治清算」的框架，推动修法建立更严谨的法令规范，才算是真正补漏洞，这是超越蓝绿的严肃课题。

搬光？销毁？藏匿？ 扁总统府3万公文全不见 2011/03/30

台湾中国时报报道，扁案新风暴再起！台湾总统府经过两年多清查文件归档情况后发现，在民进党执政八年时间，总统府五长办公室收文三万八九二四件，竟有三万六二九二件公文及外交秘抄不知去向，其中前总统陈水扁办公室遗失公文高达一万四千多件，九成四台湾公文及机密敏感文档未被依法归档。马英九总统获知清查结果后震怒，认为此一破坏"国家"档案法制、滥权违法、怠惰失职的情形，必须依法究办，决定将全案送请监察院查办。 　　总统府高层指出，严重贪污源于严重的滥权，这是民进党的文化风格，是结构性的病因，而非个案。 　　由于涉前总统府五长办公室，包括总统、副总统、秘书长及两位副秘书长共十七人，除陈水扁、吕秀莲外，还包括苏贞昌、张俊雄、邱义仁、叶菊兰、陈其迈、林佳龙等昔日或现在还活跃政坛的民进党人，因此势必引发另一波政治风暴。 　　总统府表示，在2008年九月廿五日，最高法院检察署特别侦查组搜索陈水扁办公室，在扣押证物中发现有自总统府携出之公文或属公物文件，显有总统府文件外流情事。经过二年多逐一清查比对，发现在民进党执政时期，包括前总统陈水扁办公室、副总统吕秀莲办公室，以及正副秘书长等五长办公室的收文记录与档案科归档编目资料，大量公文不知去向，总归档比率竟只有六.七六％，其中如陈水扁前总统办公室、林佳龙副秘书长办公室，归档比率竟不到百分之一。 　　根据总统府调查发现，自2000年五月廿日至2008年五月十九日，总统府五长办公室总计收文三万八九二四件，其中外交部秘抄二万五三九八件，仅六十四件归档，二万五三三四件不知去向；一般公文一万三五二六件，仅二五六八件归档，一万○九五八件不知去向。 　　总统府发言人罗智强指出，遗失文件中，外交部秘抄与一般公文不尽相同，惟其内容涉及重要外交机密敏感事务，属机关公物文件，应依"国家"机密保护法规定妥慎保管办理归档或销毁。根据往例，秘抄持有人应于离职时自行销毁或归档，现行处理方式则为指定专人保管，用毕定期送还外交部集中销毁。 　　罗智强表示，清查过滤，确实掌握扁办有自总统府携出之公文或属公物文件后，即针对五长办公室文书管理订定《总统府长官办公室文书处理原则》及《总统府长官办公室机密文书处理原则》，据以修正总统府府文书处理流程，严谨管制所有公文签办流程，同仁离职时并须办理切结。