接近中南海知情人士透露，旺角事件发生后，中共中央港澳工作协小组立即召开紧急会议，听取了港澳办、中联办对事件的汇报，协调小组长张德江在会上传达了中共总书记、国家主席习近平就旺角事件所作的几点重要指示，其主要精神如下：
特区政府要依法处理肇事分子，严格区别以间离香港和内地关系及「港独」为目的一小撮肇事分子，以及那些切身利益受损而参与事件的多数市民的不同；采取措施切实维护好香港安全，避免事态进一步复杂化；要进一步安怃民众；缓和社会气氛。
特区政府要尽量避免擦枪走火和暴力「镇压」手段对待社会和平抗议活动以及不同声音；对一些激进的暴力抗议行动，要根据香港的法律采取应对，要将一切不稳定因素尽量消除在萌芽状态。
当年北京处理「六四事件」、调动军队的方法对香港不适用。驻港部队必须严格按照中央军委的指示驻守香港，不得擅自动作；同时，没有中央军委命令，驻粤部队绝对不可有针对香港的军事动作。
加强内地舆论导向，禁止任何进一步激化大陆和香港之间矛盾、甚至怀疑「一国两制」实践的言论，避免被一小撮别有用心的香港反对派和境外势力利用，煽风点火，为他们的颠覆香港的阴谋背书。
中南海知情者指，11日深夜中国外交部不顾内地仍在春节假期，在官方网页上载发言人洪磊的「答记者问」，就香港旺角暴乱事件出声，认同港府对事件定性为「暴乱」，并指是由「个别本土激进分裂组织为主策动」，被外界解读为北京当局要强硬解决香港事件造势，为出动驻港解放军做舖垫，「中共和习近平还没有愚蠢到那个地步」。
消息人士指，香港有舆论更认为，北京用「分裂组织策划」形容旺角事件的肇事者，是要把旺角事件与西藏、新疆分裂势力划到一起，渲染事件和组织者、参与者的危害性，从而逼使香港立法会就已耽搁多年的《基本法》23条(即香港要自行立法保证国家安全)正式立法铺路，「这种分析也低看了中南海的政治智慧。香港不立法，内地也要根据基本法和内地法律，维护国家的安全。」知情者指。
博闻社此前披露，中国外交部在11日晚突然发布发言人就香港旺角事件的「答记者问」，其口径实为中共港澳工作协小组所定，中共高层专门开会研究事件，冠之以「分离组织」帽子，旨在防止香港问题新疆西藏化。而旺角事件为1967年香港左派暴动以来，又一次严重的暴力攻击执法人员事件，事件导致多名警员受伤，车辆被毁。当局事后拘捕60多人，其中37名男女已被押解上庭提讯。
